انیمه‌ی "دانه‌ی سیب" درباره‌ی یک سرباز زن جوان به نام دیونان و شریک سایبورگ او هست که پس زنده ماندن از جنگ جهانی سوم آخرالزمانی نیویورک در جستجوی امید آینده ی بشریت هستن...

سرباز "آلیسا" سربازان خود را وارد قلعه "کیسی" می کند تا آشیانه را تحت کنترل گرفته و بازماندگان احتمالی را نجات دهند.تیم آلفا بدون مقاومت زیادی از طرف حشرات فرود می آیند و با سربازان باقیمانده برخورد می کنند و...

در خط زمانی متفاوتی ژاپن پس از جنگ به مناطق جداگانه تقسیم شده است. در یکی از این مناطق به نام "هوکیادو" برج بلندی ساخته شده است که حتی از توکیو نیز قابل رویت است. در تابستان سال 1996 سه دانش آموز به هم قول می دهند به وسیله هواپیمای دست ساز خود از مرز بگذرند و راز برج را فاش کنند...