اسنیک آیز نینجا کماندویی است که برای مهارت‌های مرگبارش در استفاده از شمشیر و چاقو شهرت دارد. این رزمی‌کار ماهر پیش از پیوستن به جی.آی. جو به‌تنهایی در ارتفاعات نوادا زندگی می‌کرد و اطلاعات زیادی از گذشته‌ تاریکش در دست نیست. اسنیک آیز در اثر گیرافتادن در انفجار یک هلیکوپتر قدرت تکلم خود را از دست می‌دهد و پس از آن حادثه از لباس و نقابی سیاه برای پوشاندن خود استفاده می‌کند.

داستان یک روزنامه نگار غربی را به تصویر می کشد که برای انتشاراتی در توکیو کار می کند و با یکی از قدرتمندترین سردسته های خلافکار شهر سرشاخ می شود.